Khi Gia Định bị thất thủ, quyền bảo hộ nước Chân Lạp thuộc về nước Tiêm La. Đến năm đinh mão (1807), Nặc Ông Chân bỏ Tiêm La xin về thần phục vua Việt Nam, theo lệ cống tiến, cứ ba năm một lần. Đồ cống vật gồm: voi đực cao 5 thước hai con; sừng tê giác 2 chiếc; ngà voi hai cái; hột sa nhân 50 cân; đậu khấu 50 cân; hoàng lạp 50 cân; cánh kiến 50 cân; và sơn đen 20 lọ.[6]

Thời Minh Mạng, sau khi phá được quân Xiêm, Tướng Trương Minh Giảng và tham tán Lê Đại Cương lập đồn đóng quân ở gần Nam Vang để bảo hộ Chân Lạp[5].

Cuối năm Giáp Ngọ (1834), vua nước Chân Lạp là Nặc Ông Chân mất, không có con trai nối dõi, quyền bính chuyển sang cho Trà Long và Lê Kiên - hai người Chân Lạp làm quan cho người Việt. Năm sau, Trương Minh Giảng lập công chúa Angmey, con của Nặc Ông Chân, còn gọi là Ngọc Vân công chúa, làm quận chúa. Ông đổi nước Chân Lạp thành Trấn Tây thành, chia làm 32 phủ và 2 huyện, và đặt các chức quan coi sóc mọi việc quân sự và dân sự[5].

Do quan lại Đại Nam tại Chân Lạp làm nhiều điều ức hiếp, nhũng nhiễu dân Chân Lạp; do nhà Nguyễn bắt Ngọc Vân công chúa về Gia Định, đày Trà Long và Lê Kiên ra miền Bắc Việt Nam, dân chúng Chân Lạp oán giận và nổi dậy chống quân Việt Nam ở khắp nơi. Người em của Nặc Ông Chân là Nặc Ông Đôn khởi nghĩa với sự giúp đỡ của Xiêm La. Quân nhà Nguyễn đánh dẹp không nổi, đến khi vua Minh Mạng qua đời thì Trương Minh Giảng phải bỏ Trấn Tây thành rút về An Giang[5].

Ký ức của người Khmer về các cuộc nổi dậy của họ thời đầu thế kỷ 19 và về sự tàn bạo của quan quân nhà Nguyễn khi đánh dẹp đã được lưu truyền trong ca dao và truyện kể của người Khmer. Họ dùng từ "Youn" (trong tiếng Khmer có nghĩa là "man rợ") để chỉ người Việt. Các bà mẹ thường dùng chuyện "Youn bắt" để dọa con. Kênh Vĩnh Tế - con kênh đào dài 25 dặm được xây dựng bởi dân phu Việt và một phần người Khmer ở Thoại Sơn - đã để lại những câu chuyện về cách đối xử tàn ác của người Việt đối với người Khmer mà sau này Khmer Đỏ đã sử dụng trong các chiến dịch tuyên truyền khơi dậy lòng hận thù của người Campuchia đối với người Việt[7].